W razie stwierdzenia, że przedsiębiorca nie dokonał wpłaty opłaty w terminie albo dokonał wpłaty w wysokości innej niż należna, organ koncesyjny określa, w drodze decyzji, wysokość należnej opłaty, stosując stawkę obowiązującą w okresie rozliczeniowym, którego opłata dotyczy.

Decyzja zostanie wydana w terminie do 1 miesiąca od dnia wszczęcia z urzędu postępowania w sprawie ustalenia wysokości należnej opłaty eksploatacyjnej.
W sprawach szczególnie skomplikowanych termin ten może ulec wydłużeniu
do 2 miesięcy, licząc od dnia wszczęcia postępowania.

Decyzja organu koncesyjnego określająca opłatę eksploatacyjną ma charakter deklaratoryjny i umożliwia wierzycielom ustalenie wysokości odsetek za zwłokę lub nadpłatę.